看到这篇文章，关闭指定的IE实例：
http://www.c-sharpcorner.com/Code/2002/Mar/CaptRunIEInstances.asp

自己想了另一个办法来作

先修改注册表：
HKEY_LOCAL_MACHINE\\SYSTEM\\CurrentControlSet\\Service\\PerfProc\\Performance
下的：Disable Performance Counters 的值改为0

得到系统当前进程，加入到listBox中：
System.Diagnostics.Process[] processOnComputer = System.Diagnostics.Process.GetProcesses();
foreach ( System.Diagnostics.Process p in processOnComputer )
{
    this.listBox1.Items.Add(p.ProcessName);
}

关闭某个指定的进程：
System.Diagnostics.Process[] process = System.Diagnostics.Process.GetProcessesByName(this.listBox1.SelectedItem.ToString());
   
foreach ( System.Diagnostics.Process p in process)
{
    p.Kill();
}

但是这样会关闭进程的所有实例，比如如果你打开了多个IE，会把所有的IE窗口都关闭。

下面实现关闭某个特定的IE实例
先声明一个ArrayList：
ArrayList windowHandle = new ArrayList();

得到指定进程的所有实例，放到一个ListBox中，同时把主窗口的Handle放到ArrayList中：
System.Diagnostics.Process[] processOnComputer = System.Diagnostics.Process.GetProcessesByName(this.listBox1.SelectedItem.ToString());
   foreach ( System.Diagnostics.Process p in processOnComputer )
   {
    this.listBox2.Items.Add(p.MainWindowTitle);//在ListBox中显示主窗体的标题
    windowHandle.Add(p.MainWindowHandle);
}

把指定的进程的主窗口的Handle和ArrayList中的比对，如果符合就关闭  
System.Diagnostics.Process[] process = System.Diagnostics.Process.GetProcessesByName(this.listBox1.SelectedItem.ToString());
   foreach ( System.Diagnostics.Process p in process )
   {
    if ( p.MainWindowHandle == (System.IntPtr)(windowHandle[this.listBox2.SelectedIndex]))
    {
     p.Kill();
     this.listBox2.Items.RemoveAt(this.listBox2.SelectedIndex);
    }
   }
  
这样可以关闭有主窗体的进程，但是没有主窗体的还不行
还请大家多多指教